5月18日，热内向总统正式递交了委任书，尽管他之前在查尔斯顿有种种不得体的行为，华盛顿还是非常客气地接待了他。借此机会，华盛顿谈起了他对法国局势的看法。杰弗逊当时也在场，他的殷勤周到一下子激发了热内的演讲激情。华盛顿在谈话中说道，目前一股无政府主义的思潮正在抬头，一些舆论的宣传太过放任自流，以至于正在错误地引导人民走向另外一个极端。杰弗逊知道华盛顿指的就是弗雷诺主办的《国民报》，同时也明白了华盛顿在含沙射影地批评他没有严格地把握舆论导向。英国公使对热内在查尔斯顿的行为也颇有微词，但这还不是最严重的。7月初，法国商船俘获了英国商船“小萨拉”号，并将此船拖到了费城。他们不仅在那里处理了英国人，还将船只进行了改造，另外配置了120名船员。英国公使对此提出了强烈抗议，华盛顿政府也认为此举严重违反了政府的规定，国务院很快就对此事提出抗议。但是内阁成员的意见再次发生了分歧，汉密尔顿认为法国应当立即归还英国战船，并对此做出解释和赔偿，然而杰弗逊却认为这件事情应当交由司法机关审理之后再做定夺。在这样的情况下，华盛顿只好决定先暂时不发表意见。但是他让杰弗逊同英法两国的公使进行交涉，看是否能够调停解决这个问题。热内对华盛顿政府拖泥带水的态度感到十分不满，他觉得美国人不够爽快，同时指责美国违反了美法两国签订的条约。事情越闹越大，杰弗逊只好出面重申了华盛顿下达的严守中立的命令，要求热内立即放弃该项行动。热内气愤不已地发表了一通抗议声明，还污蔑美国政府处处跟他对着干，目的就是为了帮助英国拖延时间。
杰弗逊向热内解释了美国特殊的政治体制，政府是立法、行政、司法三权分立的职能机构，各个部门都有相应的权力做决定，不会受到其他部门的制约。与此同时，他告诉热内即使要召开国会，国会也无权过问应该由总统处理的事情。热内惊奇地问美国国会是不是最高权力机关，杰弗逊给了他否定的回答。热内这才发现自己对美国的宪法很无知。此时，又一件意外的事情发生了，这使得热内对美国政府更加的不满。他在查尔斯顿招募的两名美**官不日即将乘船前往法国参战，但是以违反法律的理由被美国政府抓了起来。热内向华盛顿政府提出了交涉，希望他们立即释放这两名军官。他的提议遭到了拒绝，他更是暴跳如雷，大骂美国政府不讲信用。当“小萨拉”号事件发生的时候，华盛顿因管家去世回到了弗农山庄。突如其来的变故使他无心在弗农山庄逗留，匆忙返回了费城。在返回费城之前，他收到了一封神秘来信。写信的人对英美两国缔结条约之事表达了极度的关心，并请求华盛顿立刻返回费城处理此事。写信的人不是别人，正是军事委员会主席皮克林，他表示会协同伦道夫和沃克特共同和总统就该事进行讨论。收到此信之后，华盛顿便立即起程返回费城。他于8月11日抵达费城，并在同一天接到了一份文件。这份文件由法国大使福吉草拟，并由皮克林翻译。文件上报告说一艘法国商船在美国境内被英国舰队没收，这件事情让法国政府非常恼火，希望美国能够出面干预此事。以下是文件的节选：
“美国宣布中立政策三天之前，国务院有人来到我的住所，他脸上的神情十分沮丧，希望能同我进行私底下的会面。他说一切都结束了，国家将会爆发一场内战。在这样关键的时刻，只有四个人能够以他们的才干和影响力来避免惨剧的发生。但是作为英国商人的债务人，他们的任何行动都将给他们带来毁灭性的打击。他请求我能够给他们提供足够的资金来免除英国人对他们的要挟。说实话，这个要求着实让我大吃一惊。我无法给他做出任何满意的答复。我渴望权力，但是在资金方面我也是无能为力。美国是否参战取决于区区几万美元，美国人民的爱国心已经被做出了估价。”
读完这封信，华盛顿不禁陷入了深思。这段时间，复杂的事情层出不穷，在一件事情解决之前，他根本无暇考虑另外一件事情。于是第二天，他立即召集内阁开会，要求批准议案。内阁成员大多赞成这个议案，但是伦道夫却提出了反对意见。他认为除非英法两国停战，否则他绝不赞成该议案。最终，华盛顿还是批准了该议案。这件事情结束之后，华盛顿便着手调查该文件。他将沃克特和皮克林召集起来，就文件当中他不太明白的地方进行了一番询问。华盛顿此举无意得罪了伦道夫，他觉得自己被忽略而深受伤害。于是当华盛顿向他提出询问的时候，他以目前事务缠身为由而百般推辞。与此同时，他向总统提出了辞职的请求。他在信中写道：“我是一个性情中人，所以我不太会隐瞒我内心的真实的想法。总统阁下对我的信任已经大不如以前，这让我的内心备受伤害。既然我已经得不到总统阁下的信任，不如就此提出辞职吧。不过，即使辞职了，我依然会对那份文件保持十足的关心和耐心，我会详细地做出调查，一旦有机会同福吉大使会面，我会向他全面地了解此事。请允许我将该文件复制，以便于我展开调查。在此我向您保证，我绝对不会以调查之名去收取贿赂。”华盛顿在回复信中写道：“在这件事情调查清楚之前，我不会将文件的内容透露出去。同时我也会交代相关知情人严守机密直到疑点被澄清。届时我自己会做出客观的判断。”得知自己的信件被截获，福吉慌忙发表了公开声明，澄清此事与伦道夫无关，更没有向他收取任何贿赂。同时他还表示他在信中无意诋毁中伤伦道夫。伦道夫开始着手调查事宜，期间他同华盛顿进行了几封信函交流，就一些具体的问题进行了讨论。同时他还将他同华盛顿的通信摘取其中的章节发表在报纸上。他这么做似乎是为了以防万一，怕自己的努力白费了。华盛顿在回信中对他的这种做法表示不赞同，他说道：“虽然我没有权力阻止你将我们的私人信函的内容进行发表，但是你的这种做法确实有些欠缺考虑。你为了达到自我辩护的目的而希望得到公众的同情，实际的效果如何你自己可以观察得到。”事实上，伦道夫反对议案的做法已经引起了内阁成员的不满，他涉嫌秘密信函的事情又将他推到舆论的风口浪尖上。各界都在批评他的为人处世方式不够得当，他的军事能力以及人品均遭到了质疑。无论作为一名军人还是政治家，他都缺乏基本的素养。他被指控违反了宪法，他在未经参议院同意的情况下私自同法国方面进行谈判，同时他涉嫌秘密文件所指，于是国会一致同意对他进行弹劾。同时华盛顿又遇到令人棘手的问题。总统府被指控财政开支超支，对此财政部长出面澄清跟总统本人一点关系都没有。华盛顿一向提倡勤俭节约，绝对不可能染指公款贪污。他简朴的生活作风是有目共睹的，何况总统府的各项开支均有清单，核对之后便可澄清一切疑点。对于此事，马里兰州议会特地给华盛顿寄来一封信，信中他们表示对华盛顿的人品的极度信任，并表示永远支持总统。
另外，关于热内的事件，在华盛顿返回费城的时候，杰弗逊就向他汇报了此事，华盛顿听后非常生气，认为热内不尊重美国宪法，不尊重美国政府，并于次日召开了内阁会议，决定扣押停留在美国港口的法国船只。国务院将这个决定通知了热内，然而热内竟然蔑视美国政府的决定，公然起锚开航了。事情发展到这一步，这场两国之间的矛盾演变成了热内同华盛顿之间的私人矛盾，一些好事者抓住这件事情大做文章。他们甚至印发了一些打油诗，题名为“华盛顿的葬礼”，在民间广为传播。这件事情使华盛顿的声望受到了巨大的打击，一些不明是非的老百姓也纷纷倒戈，指责华盛顿的种种不是。面对华盛顿的艰难处境，杰弗逊倒是有些幸灾乐祸，他认为华盛顿已经失去了掌舵的能力，政府面临倒台的危险。华盛顿看到自己的权威受到蔑视，而且人民还站在敌人的那一边，让他的内心感到十分难过，精神上也受到了很大的打击。
自华盛顿接任总统一职至今，他一直被内阁的内讧和政治派系之间的斗争深深地困扰着，他担心如果情况进一步恶化，内阁将面临被解散的危险。汉密尔顿给华盛顿写一封信，提出了自己打算辞职的意向。无论对公还是对私，他都不打算再继续干下去。与此同时，杰弗逊也于7月31日给华盛顿写了一封信，在信中同样表达了打算辞职的愿望。眼看这两名得力的助手都要辞职，华盛顿感到非常伤心。华盛顿亲自去杰弗逊在离费城不远的别墅拜访他，并当面告诉了杰弗逊自己目前身处的困境。自新政府组建以来，华盛顿千方百计地广纳贤才，目的就是要借助这些有识之士的力量来巩固革命胜利的果实，发展美国的国力，使之变得强大起来，赋予美国人民真正意义上的民主和自由。然而这一切靠他个人的力量是永远无法实现的，所以他殷切地希望杰弗逊能够继续留在内阁，帮助他管理国家。然而杰弗逊却表示他已经厌倦了这种政治生活，希望能够早日退休，回归田园。经过华盛顿一番诚恳的劝说，杰弗逊终于答应继续留在内阁，但是他打算来年1月份就辞职。华盛顿答应了他的要求。