除了体制问题之外，印第安人的问题也令华盛顿感到十分棘手。哈默尔将军将出征迈阿密的事情在国会上做了详细汇报之后，议员们纷纷露出了不满的神色。他们认为民兵团遭到印第安人伏击导致惨败而归的结果令美国蒙羞。印第安人成功地赶走了民兵团的消息让那些野蛮人更加肆无忌惮地在南方滋事。三个同美国政府签订了贸易协定的塞内卡族的酋长同意前去说服“小海龟”，让他同政府合作，放弃对政府的武装对抗。华盛顿对他们的这一行动十分赞赏，鼓励他们尽全力完成该项使命。长期以来，华盛顿都希望通过文明的手段来教化那些印第安人，但是那些野蛮人似乎并不领情。他希望印第安人能够学会白人的种植技术以及养殖技术，等他们丰衣足食之后，他们就不会再去劫掠边境的白人居住点，也相当于解决了华盛顿心头的一大隐患。
在国会开会期间，肯塔基和佛蒙特两州提出了加入联邦的申请，国会当即予以批准。3月3日，第一次国会结束。从诸多的争论中，华盛顿看到了大家求同存异、同舟共济、团结向上的精神风貌。从对征收关税到建立国家银行的议案的讨论中，他发现南北两地的议员代表们之间存在巨大的分歧，虽然他们不可避免地维护地方利益，但是他们的讨论是开诚布公的，总体的目标是一致的。
3月份的时候，华盛顿开始他南方视察之旅。他途经弗雷德里克斯堡、里士满、威尔明顿、查尔斯顿，然后又从无树平原赶到奥古斯塔、哥伦比亚以及北卡罗莱纳和弗吉尼亚的一些内陆城镇，全程共1887英里。华盛顿在途中一刻也没有停歇，就连那几匹马也坚持陪他跑完了全程。7月6日，他返回了费城，对这次的南方视察非常满意。他亲眼见证了南方各州的情况，了解了百姓的意见，对民情的进一步了解使他在有效处理政事方面信心倍增。一路上，他总是用慈祥的目光打量着周围的一切，老百姓对他的拥戴让他的内心倍感欣慰。新政府在一天天地成长成熟起来，也赢得了公众越来越多的信任。人们开始接受国会制定的法律，例如，当国会对国产酒实施征税法刚获通过的时候，许多人断言这项法案在南方绝对不可能实施，但是事实证明人民的实际反应并非如此，这项法案获得了人民的广泛支持。政府成立三年之后，公信力已经得到了大大的提升。刚刚成立的国家银行也在飞速发展，人们纷纷认购股份，在一个小时之内，两万股就一售而空，这足以证明人民对政府的信任。
看着政府渐渐地成长起来，华盛顿感到由衷的高兴。他在给挚友拉斐特侯爵的信中，尽情地表达了他的喜悦之情，他说道：“当欧洲还是硝烟弥漫的时候，美国已经进入了和平发展时期。对比欧洲人民和美国人民此时的境遇，其中的差别令人惊诧。就连最挑剔的评论家，都不得不对美国国内的情况刮目相看。尽管已经取得了一定的成绩，但是我们绝对不会独享革命胜利的果实，我们乐意将我们的经验同欧洲各国分享。我们一直关注着法国的革命形势，并衷心地希望法国早日结束战争，迎来和平、民主、平等的未来。”
第二次国会于10月24日在费城召开，25日，华盛顿在会上致开幕词。他说，建国初期，政治稳定，经济稳步复苏，一切都在朝着积极的方向发展。建国初期的经济政策得到了切实的贯彻执行，政府公信力增强，百姓安居乐业。虽然国家大部分地区已经赢得了和平发展的形势，但是边境军事隐患依然存在。为了保护西部边疆安全，他主张政府尽快采取措施。为了讨伐印第安人，华盛顿已经任命了圣·克莱尔将军担任军事委员会主席，命他率领一支部队负责西部边疆的安全问题。他授权克莱尔将军随时调配民兵团的权力以及调配肯塔基州军用物资的权力。为了配合克莱尔将军的行动，肯塔基州迅速召集了两支民兵团，并将这两支兵团火速派往瓦伯什的印第安人集聚地。第一支兵团由查尔斯·斯科特将军率领，第二支兵团由威尔金森将军负责率领。他们分别于5月和8月征讨瓦伯什地区。他们到了目的地之后，烧了印第安人的棚屋和庄稼地，并把那些负隅顽抗的印第安人抓起来做了俘虏。圣·克莱于9月份亲率大军在华盛顿堡集合，部队包括2000名正规军以及1000名民兵。他们要承担的任务十分艰巨，不仅要在荒山野岭中开辟出一条道路，还要修筑起桥梁以便军需品的运输。他们同时还要在瓦伯什同俄亥俄之间修筑要塞，以备战时之需。部队于9月7日开始向北方进军，他们一边行军一边开路，同时还在沿途修筑堡垒。由于内战刚刚结束不久，士兵厌战的情绪十分强烈，加上前线条件艰苦，不少士兵都开了小差。
圣·克莱尔将军身患痛风，不仅不能够行走，连上马都需要人搀扶。但是他咬牙忍着病痛，坚持带领先头部队行军。10月27日，一名弗吉尼亚的地方军士兵要求退役，由于担心造成连锁反应，将军命令部队火速前往敌军的腹地。在连续行军6天之后，部队终于抵达了印第安人的营地。10月30日，60名士兵集体开小差，他们拦截了后面的军需车辆，打算乘车返回。正在这时，哈姆特伦克上校识破了他们的计谋，及时阻止了他们。部队继续往前行进了30英里，最终抵达了距离迈阿密印第安人居住地15英里的地方。部队在一条小河边驻扎下来，圣·克莱尔将军误以为这条河是圣·玛丽河，但是实际上这是瓦伯什河的一条支流。在这附近居住的大量的印第安人表明这里是瓦伯什较大的一个土著人保留地。卡莱尔将军将部队分成两军驻扎，巴特勒少将率领克拉克军团组成第一营地，负责右翼；达克上校指挥德丁杰和盖恩麾下的人马及美军第二军团组成左翼。营地长约400码，尾翼部队阵线拉得稍微长点。杜鲁门上尉率领一支骑兵部队负责部队的右翼，斯诺登上尉则负责部队的左翼。印第安人营地周围是条小河，虽然河水很浅，但是小河四周却是丛林密布、沟壑纵横，这为营地提供了天然的屏障。民兵被安排住在在小河附近的高地上，他们的地理位置相对优越，正好可以作为正规军的后备力量。克莱尔将军打算等哈姆特伦克上校的军团一到，就立即对印第安营地发起进攻。前一个晚上，他同弗格森上校商量了进攻计划，并派出了巡逻兵侦察周围的情况。在这个关键的时刻，民兵们却表现出了极大的反战的情绪。他们抱怨连日行军已经使他们极度疲惫，而克莱尔将军却要求他们第二天凌晨就要进入备战状态。他们声称自己的身体吃不消，无法完成突击的任务。他们对下达的任务推三阻四，主要的目的就是想当逃兵。11月4日凌晨4点钟，战士们刚刚集合完毕，丛林里就响起了马蹄声。原来是一支印第安人的部队突袭美军的大营，慌乱之中，民兵们胡乱开了几枪，就往密林深处逃去了。毫无准备的正规军被印第安人的突然袭击打蒙了，部队好不容易集合起来又被打散了。印第安人闯进了营地，士兵们被迫用刺刀还击。炮兵团也奋力地朝敌军开炮，但是印第安人太狡猾了，他们躲在密林中，忽隐忽现的，让人摸不清他们准确的位置到底在哪里。然而炮兵们自己却暴露在印第安人炮口下，没过多久，三分之二的炮兵都被印第安人的大炮给炸死了。印第安人乘胜第二次冲进了美军的营区，他们挥起手中的斧头残忍地向士兵们砍去，巴特勒将军以及斯诺等将军率领的两支骑兵部队英勇地同这些印第安人战斗，并成功地将他们驱赶出了美军营地。阴险的印第安人朝巴特勒将军放冷枪，将军中弹从马背上摔了下来。一名野蛮人飞快地冲了过来，拿出利刃残忍地将巴特勒将军的头皮割了下来，但是还没等他将战利品带走，冲过来的美国骑兵就将他就地正法了。此时印第安人又得到了增援，再次冲进了美国的营地。由于缺少炮兵和骑兵，美军此次已经没有了反击的力量。在战斗中，超过半数的正规军被残忍地杀害了。圣·克莱尔将军率领残部仓皇逃走，印第安人骑马追击了一英里才撤回。到晚上7点钟，圣·克莱尔将军率兵逃到了杰弗逊堡，担心印第安人会继续追击，他们不敢耽搁，于当夜急行军至华盛顿堡。这场战斗中，美军共损失正规军550人，200人受伤，其中31名军官阵亡，24名受伤。圣·克莱尔的兵败让他无地自容，不知道该如何向华盛顿交代。早在他出征前，华盛顿就提醒他一定要提防印第安人偷袭，没想到果然被华盛顿言中了。当信使快马加鞭地来到总统府向总统报告这一消息的时候，华盛顿正在接待客人。里尔上校向华盛顿通报了这个消息，华盛顿听后，脸色立即阴沉了下来，但是他什么都没有说，就像什么事情都没有发生一样。等客人全部走了之后，他来到了办公室接见了信使，信使向他详细汇报整个战争的情况之后，他再也压抑不住心中的怒火，“腾”的一下从椅子上坐了起来，气愤地挥舞着自己的拳头，大声地说道：“被印第安人偷袭！全军覆没！”他生气的样子连里尔上校都感到十分震惊，因为在此之前还没有什么事情能够惹得总统发这么大的脾气。不过事已至此，发再大的火也于事无补了。华盛顿最后挥手示意让信使退下，自己则在窗户边上站住，眼睛凝视着窗外，久久都没有说话。里尔上校站在旁边，不敢插话，也不知道该说什么。过了许久，华盛顿渐渐恢复了平静。他重新在沙发上坐下来，但是里尔上校看得出来，他只是暂时将火气压抑了下去，他胸中的怒火随时都有可能再次喷发。他吩咐里尔上校这个消息暂时不能公开，同时他要亲自审问圣·克莱尔将军有关此次兵败的主要原因。由于这次战斗的失败，圣·克莱尔将军必须要上军事法庭接受审判。